Les activitats humanes han deixat notables elements de valor històric i cultural. Tanmateix, i com succeeix en altres espais naturals, les principals problemàtiques de les Gavarres deriven també de l'acció antròpica.
Els boscos de les Gavarres estan any rera any sota l’amenaça dels incendis. El foc, entès com a pertorbació natural, és un fet característic dels boscos mediterranis, però tanmateix poc freqüent. Si bé la majoria d’incendis actuals són intencionats o desencadenats per accions humanes, la combustibilitat del bosc i l’abast dels incendis es veuen ajudats pel despoblament del massís i l’abandonament del bosc, i molt especialment per les tècniques forestals aplicades en les darreres dècades en absència de models vàlids de gestió forestal.
Les explotacions forestals han substituït els boscos propis del massís per altres formacions vegetals molt més inflamables. Els impactes més greus sobre el bosc però, van tenir lloc durant la dècada dels anys setanta amb l’eliminació de boscos i la construcció de terrasses en els pendents de les muntanyes per a fer-hi plantacions de pins i d’eucaliptus. Aquestes modificacions del relleu van comportar l’erosió i l’empobriment dels sòls i un enlentiment en l’autoregeneració natural del bosc.
L’extracció de minerals ha suposat una altra activitat agressiva sobre el massís, de menor extensió però de gran impacte sobre la qualitat paisatgística de les zones afectades. És el cas de les terreres d'argiles concentrades al peu del massís (Cruïlles, Sant Martí Vell, Quart); de les explotacions de granit, sobretot les clandestines al sector de la costa, que s'utilitza com a element decoratiu en moltes segones residències, i les explotacions de roca calcària (a Girona, Campdorà, Celrà i Fonteta), tot i que actualment s'hi porten a terme molts projectes de restauració. D’altres activitats, tradicionals i massives com la recol·lecció de bolets o la cacera, o més recents com la circulació motoritzada, l’extracció d’exemplars madurs de plantes com l’arboç per a jardineria i viverisme, etc. estan poc regulades i poden esdevenir abusives i impactants.